| 1.白粉病（药农称为“冬瓜粉”）：5月下旬发病，7～8月为害严重。发病初期在叶背面出现圆形或椭圆形黄褐色小斑点，逐渐扩大成病斑。叶表面病斑褐色，长出白粉，并由老叶向新叶蔓延，白粉逐渐布满全株叶片，使叶片慢慢枯死，重者全株死亡。防治方法：①调节荫蔽度，适当增加光照并注意排水；②发病初期，用庆丰霉素80单位或70%甲基托布津1500倍液，每7～10天喷雾1次，连喷2～3次；③选育抗病品种，增施磷钾肥，提高植株抗病力；④实行轮作。
2.炭疽病：5月初发病，叶片上出现油渍状小点，扩大成病斑，边缘紫褐色，中间灰白。后期病斑中央穿孔；叶柄上也产生紫褐色病斑，严重时全株枯死。防治方法：①冬季清园，将病叶集中烧毁；②用1：1：100～150波尔多液或80%代森锰锌可湿性粉剂800～1000倍液喷雾，每7～10天喷1次，连喷数次；③发病后即摘除病叶，喷50%多菌灵800～1000倍液或60%炭疽福美400～600倍液，7天1次，连喷2～3次。
3.白绢病：常于夏、秋发生。病菌先侵染根茎处，后叶片呈紫褐色或橙黄色，重者全株死亡。根茎处出现白色绢丝状菌丝和似油菜籽状的菌核。防治方法：①发现病株立即拔除烧毁，并用石灰粉处理病穴，或用50%多菌灵可湿性粉剂800倍液浇灌；②发病时用50%退菌特500倍液喷洒，7天1次，连续2～3次；③实行与玉米轮作5年以上。
4.列当：寄生于黄连根部，以吸盘吸取汁液，使黄连生长停止，严重时全株枯死。防治方法：①发现列当寄生，连根带土一起挖除，换填新土；②7月上、中旬，列当种子成熟之前，结合除草将列当铲除干净。
5.蛞蝓：是软体动物，在黄连整个生长期都可为害，咬食嫩叶。白天潜伏阴湿处，夜间爬出活动为害，雨天为害较重。防治方法：①用50%辛硫磷乳油0.5公斤加鲜草50公斤拌湿，于傍晚撒在田间诱杀；②在畦周围撒石灰，防止蛞蝓爬入畦内。
6.蛴螬、蝼蛄：咬食叶柄基部。防治方法：①有机肥要充分腐熟或进行高温堆肥杀死其中害虫后才施用；②用黑光灯诱杀成虫，灯下放置盛虫的容器，内装适量水，水中滴入少许煤油；③麦麸炒香，用90%晶体敌百虫30倍液，将饵料拌湿或将鲜草切成3～4厘米长，用50%辛硫磷乳油0.5公斤拌湿，于傍晚撒在畦四周诱杀。
7.鼠害及兽害：麂子、锦鸡及鼠类等，为害黄连嫩叶、花薹、种子甚至根茎。预防方法：①设围栏防止野兽进入；②用鼠药撒于田间或鼠洞内。
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