口疮的病变部位虽在口腔，但人体诸经皆会于口，口为脾窍，舌为心苗，肾脉连咽系于舌本，肝脉下颊环唇连舌本等，因此脏腑功能失调，或感受火热之邪，饮食偏嗜，或劳倦过度均可引起本病发生，其病机归纳如下：

心脾伏热 由于外感风热之邪或暴饮暴食，过食甘肥辛辣，煎炒炙赙，嗜酒等损伤脾胃，内蕴化热；或思虑过度，所思不遂，致使心脾伏热，郁久化火，循经上窜，熏蒸于口而致口疮。

阴虚火旺 素体阴虚或热病，大病后期，真阴乏竭；亦有因本病迁延难愈，反复发作，耗伤真阴，引起肾水不足，难以济火，命门之火失去维系，导致龙火妄动，浮游于上，循经上扰咽喉而人口舌引起病变；或因肝失调达，气郁不畅，日久营阴暗耗，肾阴亏损，以致水不涵木，阴虚火升而致本病。

脾肾阳虚 若素体阳虚或劳倦过度，或因久服苦寒之药，戕伤中土，致元气不足，中阳不振，升降失司，或因房劳不节，或长期被本病所累，“久病不已，穷必及肾”，以致命门火衰，蒸腾无力，或因阴伤目久，阴损及阳，无根之火上浮而致病。

瘀血阻络 这是近年来通过研究提出的一个新病机概念。由于心脾积热或阴虚火旺，火热熬津灼液，“津血同源”，血被火煎，浓缩于脉，以致成瘀血阻于血道，口舌失于血液濡润而成口疮。