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中医学认为，“人以天地之气生，四时之法成”。人与自然是和谐统一的整体。当人与自然的和谐关系遭到破坏，个体不能适应自然变化时，就产生疾病。这是《黄帝内经》最基本的病因观。调整天人关系也就成了中医学治疗疾病的基本思想。
对于疫病的病因，《内经•素问遗篇》提出了“三虚”说：天虚、人虚、邪虚。天虚是自然变化节律的失常，人虚是人群抗病能力的不足，邪虚是直接致病原的侵犯。“三虚”致疫说，较为完整地指出了产生疫病的三大因素。
“人气不足，天气如虚……邪鬼干人，致有夭亡，……一藏不足，又会天虚，感邪之至也。”“天虚而人虚也，神游失守其位，即有五尸鬼干人，令人暴亡也。”
所谓“邪鬼”、“五尸鬼”，在《黄帝内经》中又称为“虚邪贼风”，相当于现代医学的致病微生物，而致病微生物侵犯人体， 中医学认为需要具备另外二个条件：“天虚”和“人虚”。
人和自然都是不断 运动变化的物体。人与自然的运动变化，都是有一定节律的，《内经》总结了自然的周期性变化规律，创立了“五运六气”学说。《内经•素问遗篇》是讲五运六气的专篇，故文中讲的“天虚”，主要指五运六气的失常。
近现代中医对疫病病因的研究相对较少，特别是从五运六气角度对疫病病因的研究者寥寥。很多人认为西医对流行性传染病的病因已较清楚，再从中医病因学的角度去研究似乎已无多大意义，故在目前的中医教科书中，重视直接致病原而淡化自然“六气”的倾向较为突出。有些教科书和温病学著作为了与西医传染病的病因学靠拢，直接把疫病病因称为“温热病毒”，认为“发生温病的主要原因并不是四时的气候变化，而是某种特定的‘邪毒’。”“邪毒”在这里已是细菌、病毒等致病微生物的代称，这是试图用西医的病因学来替代中医的疫病病因理论。
明确病因是中医辨证论治的基础。对疫病来说，不能正确把握“六气”病因，就难以在辨证论治中体现天人相应的中医本色。按照西医的病因观寻找直接对付致病原的方药，就会失去中 医药的治疫特色。
致病微生物会不断变异，新的致病微生物会不断产生。所以在疫病的防治问题上，不能仅仅盯住致病微生物，总被动地跟在致病微生物后面跑。事实启示我们：在疫病的病因问题上，只讲致病微生物是远远不够的，人体的抗病能力，致病微生物的传染力和生物学特性，都受制于自然大环境的变化条件。运用五运六气理论，把握好疫病的发生发展规律，才能在与致病微生物的斗争中变被动为主动。
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