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药品制度如何改革
除了世界银行之外，药品制度的改革也是诸家方案建议的重点之一。关于医药产业发展的政策，诸家方案都强调政府应鼓励创新，引导行业整合，提高行业效率，但建议实现这些目标的政策工具却不同。北京大学、复旦大学、中国人民大学的方案更强调政府对医药市场的管制甚至施加行政命令与控制，例如对生产、流通、使用各环节实施严格的审批、检查、全程监控等，并提高市场准入门槛。而麦肯锡公司的方案更强调政府保护知识产权，帮助企业提高效率，改善 产品质量，鼓励创新。有四个方案主张政府对药品研发实行优惠政策，甚至提供资助。其中，北京大学和中国人民大学的方案还提出了政府对 中医药产业的保护建议。
关于药品流通和价格管制政策，北京大学、中国人民大学和复旦大学的方案明确提出了加强药品招标采购制度，但并未对其细化，对于目前正在实施的集中招标采购模式为何效果不佳也未加论述。复旦大学和中国人民大学则建议加强政府药品定价的能力。这几家机构异口同声地指责药品生产流通领域的违法违规行为，认为这些行为损害了政府政策的执行力，但其并没指出为什么国家制定的良好政策和制度遭遇到不合作甚至违背的行为。
另外，多数机构都提到了“以药养医”的问题。复旦大学和中国人民大学更建议政府通过对医疗机构进行严格的财务管理，切断“以药养医”的经济链，实行药品零差价。国务院发展研究中心和北京大学也支持这一思路。
同时，国务院发展研究中心、北京大学、复旦大学、中国人民大学、世界卫生组织的方案都提出了建立国家基本药物制度，以保障基本药品的供应。在某种意义上，这是对“以药养医”问题的一个部分解决方案，即仅仅针对一部分药品。对于这一制度的基本运行模式，国务院发展研究中心、北京大学和复旦大学强烈主张实行统购统销，即定点生产、统一购买、统一配送。中国人民大学则主张“政府指导和督促厂家生产短缺药品”，但并未说明若厂家不配合，政府将如何应对。世界卫生组织强调政府应整合公共医疗保障计划的药品报销目录，制定差别报销政策，引导参保者多使用基本药物；制定 标准诊疗和用药指南，引导医疗机构提供基本药物。当然，最后一项建议也将不可避免地面对医疗机构有可能将指南当废纸的问题。由此可见，即便在国家基本药物制度的旗号下，也可能有两条不同的道路可走。国务院发展研究中心、北京大学、复旦大学、中国人民大学明确主张回顾计划体制下的统购统销模式，而世界卫生组织的态度尽管不明朗，但其关于国家基本药物制度的设想绝不包含统购统销的内容。
在八家机构中，只有北师大的方案独树一帜，不仅倾向于市场化的药品制度，而且把药品制度改革置于医药卫生制度改革的整体框架中加以考虑。在其看来，只要医疗保障体系走向全民覆盖，并且真正行使好医药卫生购买者的角色，只要医疗卫生服务体系走向了有管理的市场化，只要医药卫生监管体系有效地运行，那么药品生产和销售的市场化就能走向正常有序的发展道路，医疗卫生事业和药品生产流通产业就能实现协调发展，药品生产、流通和使用环节中出现的问题就会随之逐步缓解，不治自愈。在满足了上述条件的制度环境中，医疗机构自然会高度重视用药方案的性价比，医保机构也会重视可报销药品的性价比，双方也会在市场的压力下发展出多元化的药品集团购买模式。同样，医疗机构会根据自身的运营情况以及患者的需求，自主决定是否保留门诊药房。如此一来，医药分家水到渠成，不必由行政部门强力而为。对于某些攸关民生的药品，政府可以实施最终销售价格上限管制以及质量监控，但没有必要进行统购统销。只有在这样的制度环境中，基本药物目录以及各种合理诊疗与用药指南才不会成为图书馆中蒙尘的收藏品。
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