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此外，T细胞疫苗的免疫反应还因人而异，可能与HLA单倍型有明显的关联。因此，T细胞疫苗可能增强人体对HIV的自然免疫反应，而这要取决于个体的HIV单倍型。换句话说，此类的疫苗只对有“有利”HLA单倍型的个体有效。
第三，传统的病毒疫苗，比如脊髓灰质炎、天花、麻疹，能够保护接种者不发生感染，完全清除病毒，而且保护作用能够一直持续。在人群中广泛接种，可以减少感染人群的数量以及感染的传播率。即使只在易感人群中接种，也能大大降低感染的传播，这就是疫苗的群体保护效应。但是，HIV的T细胞疫苗不能预防感染，只能通过减低病毒的水平来延缓 疾病的进展，那么虽然二代传播的风险会降低，但不会阻断。而且病毒复制在一定水平上仍然存在，HIV不可避免地会发生变异，从而最终仍会逃脱免疫的控制，增加二代传播的风险。所以，任何一种T细胞疫苗的群体保护效应都是短暂的。
第一个T细胞疫苗在控制感染风险或病毒水平方面的失败，迫使HIV疫苗的研发不得不重新寻找方向。
3 行进中的疫苗开发
人体为何不能在自然感染期间产生广谱的中和抗体，如果能够回答这一问题，将有助于开发有效的疫苗，诱导产生相应的抗体。而且，通过疫苗诱导的免疫反应必须要比自然感染诱导的免疫反应更为强效。单克隆抗体，也具备广谱中和抗体的作用，虽然非常少，现在还无法获得，但是诱导单克隆抗体这一途径对开发HIV疫苗可能是行之有效的。此外，研究者通过X线结晶技术发现了HIV是如何利用CD4受体进入细胞内的，以及广谱中和抗体是如何结合于CD4的结合部位来有效中和HIV的，这一发现将有助于HIV疫苗的开发。
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